Perteneciente al “Plan General de Alumbrado Marítimo de las Costas y Puertos de España e Islas Adyacentes” de 1847 Inicialmente funcionaba con una lámpara de aceite de oliva, montada en una óptica de 300 mm. de distancia focal con las partes catadióptricas fijas y la dióptrica formada por dos lentes giratorias. Este sistema obtenía un alcance de 17 millas náuticas emitiendo una luz fija de color blanco con destellos de igual color cada tres minutos. Originalmente existía un faro a la entrada de la bahía de Santoña, en el promontorio conocido como Punta del Fraile. Sin embargo, no marcaba bien la costa, por lo que en 1859 se decidió la construcción de este nuevo faro. Su estructura inicial fue modificada en 1926 con la renovación del sistema de iluminación. Posteriormente, la introducción de nuevos automatismos se tradujo en la supresión del personal, y esto llevó al derribo del edificio destinado a vivienda y la construcción de uno nuevo con una sola planta. En el año 1990 se añadió un grupo eléctrico.